per quanto ne so io, Joomla, al suo interno, ha diversi riferimenti a "index.php", quindi non puoi semplicemente rinominare il file.
Ogni server ha una sua lista di priorità con cui caricare le pagine, a seconda del nome e dell'estensione (ad esempio prima cerca default.html, poi default.php, poi index.html e via dicendo)..
prova a rinominare la tua pagina provvisoria in "default.html" (se non funziona non so come aiutarti..)
In genere, quando mi trovo nella tua situazione, installo joomla in una sottocartella (non nella root principale), anche per evitare problemi di questo tipo.
Se sei solo all'inizio dello sviluppo del nuovo sito, io ti consiglio di ripetere l'installazione in una sottocartella (al cliente potrai dire un indirizzo tipo "
www.miosito.it/joomla", e chiunque acceda al dominio verrà reindirizzato al vecchio sito.