Inizia col raccontarci se sei in locale ho su un servizio di hosting, se usi un server linux o windows, quale versione di joomla hai installato (immagino la 1.6 ma te lo chiedo per sicurezza).
Difficilmente i permessi devono essere cambiati dopo il trasferimento se sei su server linux......
Il file di configurazione deve avere i permessi a 644 e devi essere tu l'OWNER.......se ad esempio hai installato tutto in locale su una LAMP e poi trasferito tutto in remoto puo succedere che l'OWNER ti crei problemi.