A titolo informativo per chiunque avesse il mio stesso problema:
soluzione valida per la versione di Joomla! 2.5.1 (e forse anche quelle successive!)
Questa è la sintassi corretta:
<?php if(count(JFactory::getApplication()->getMessageQueue())):?>
<jdoc:include type="message" />
<?php endif; ?>
Ovviamente all'interno dell'if ci si può mettere qualunque cosa si voglia mostrare all'utente in caso di "errore" (o messaggio di sistema di joomla!), qunidi div, collegamenti, immagini, caramelle... tutto!