guarda.. una sovrascrittura non è altro che un aggiornamento completo, nell'aggiornamento si sovrascrivono solo i files che sono stati variati per risparmiare del tempo, altrimenti un qualsiasi aggiornamento di un qualsiasi software che ha un database si fa allo stesso modo, esattamente.
e anche se trasferisci la cartella installation potresti sempre cancellarla dopo il trasferimento, inoltre saprai che nella cartella oringinale non c'è il file configuration pertanto quello resta integro, idem per htaccess che verrebbe trasferito come htaccess.txt e quindi non andrebbe a sovrascrivere .htaccess in quanto hanno nomi diversi.
la sovrascrittura risolve i problemi di file corrotti, i file corrotti sono una caratteristica delle installazioni automatiche e dei pacchetti quick start.
quindi fidati, almeno per escludere problematiche che non troveresti neanche tra settimane sovrascrivi ogni volta che ti va, non hai niente da fare? bene sovrascrivi così per sfizio che male non gli fa di certo
le copie non è mai sbagliato farle, ma non le farei neanche,
ps
ovviamente con filezilla via ftp, l'avevo detto?