se ripristinando il template risolvi a che ti serve cercare come hanno fatto?
se hai una copia delle cartelle per sicurezza spiana e ricarica la copia sicura, in un so linux con tale operazione sei certo che risolvi,
ovviamente se usi anche tu un so linux eviti di dover perder tempo con l'antivirus altrimenti fai una scansione non si sa mai.
PS
anche cambiare tutte le credenziali di accesso, web, ftp e database oltre che del sito è una ottima precauzione.