Ciao Lucio,
lungi da me fare polemiche ma anche se non sta scritto da nessuna parte, dovresti aver capito oramai che con un server windows non riesci neanche a fare l'istallazione, figurarsi in seguito gestire il sito...
La realtà è che joomla è un CMS scritto per girare su linux. Non è una questione di meglio questo o meglio quello. Altri sistemi sono scritti per girare su server windows e non funzionano su linux.
Non è scritto da nessuna parte che funzioni solo su linux perchè sarebbe una bugia.
Infatti chi amministra il suo server windows nel senso che è l'amministratore di sistema di una rete windows con tutti i privilegi e la mano libera sui settings del server stesso riesce a farlo girare ma a prezzo di tante smadonnate e con alcuni problemi in genere di sicurezza.
Non troverai mai un server windows di quelli che "uno normale" come me e te possiamo affittare con un piano di hosting che ti permetta di utilizzare joomla in modo corretto perchè ne andrebbe della sicurezza degli altri siti hostati sulla stessa macchina. Parecchi servizi di host inoltre vietano l'installazione di joomla e simili su server windows perchè ciucciano risorse non essendo scritti per girare lì.
Il mio consiglio è di passare ad un server linux, oppure di cambiare CMS ed usarne uno adatto a server windows.
La "terza via" è svilupparti il sito completo in locale e poi metterlo sul server windows.
Il sito funzionerà ma scordati di poterlo aggiornare, di installare nuove estensioni e altre cosette così perchè è proprio la differenza tra le architetture dei due sistemi che te lo impedisce.
Ciao!