se hai nel template una sezione utilizzabile per i Moduli, installi un modulo, lo piazzi in quella posizione e null'altro.
Al massimo prima del js di ads ci metti un tag
<center>
se però nel template non è prevista la sezione, dovresti piazzarlo a mano nel codice, magari facendoti spazio nel file index.php del template (non quello nella root di joomla).
Ti crei un <div> e ci butti dentro il js di googleads.
Ma questa "brutalità" la puoi fare più quando sei alla fine o all'inizio della pagina.
Rischi di andare ad interferire con "gli spazi" predefiniti nel template e nei CSS.
P.s. che joomla usi 1.6 o 1.7 ?
E il template?