mmm...io akeeba lo conosco bene, però utilizzo per fare il backup al sito, ma quando traferisco un sito ad un altro server utilizzo akeeba extract che mi scompatta il file .jpa e butto tutto sopra al nuovo sito, poi prendo il db vecchio, esporto e importo in quello nuovo, così sono sicuro che funziona. Ovviamente poi devo modificare config.php gli accessi al db, il path e controllare che le cartelle abbiano gli accessi corretti.
Ps una volta mi creò problemi un componente, ora commerciale, per il sef e il sito non andava!
Cmq così facendo stai sicuro che ti funziona.