L'installazione nella root migliora l'indicizzazione del tuo sito ed è consigliabile se nello spazio web c'è solamente joomla.
Ma se decidi di installare altri software standalone (quindi NON integrati in Joomla), allora sarebbe meglio tenerlo ognuno in una sua sottocartella per rendere tutto più ordinato.
Discorso intro...
Puoi benissimo installare Joomla nella root E usare l'intro.
Tutti i web server, in genere, danno priorità a index.html rispetto a index.php, quindi verrebbe caricata sempre l'intro.
Quando ti stufi dell'intro, basta che togli il file o lo rinomini.
Infine se installi Joomla nella root e poi decidi di spostarlo in una sottocartella (o viceversa), problemi non ce ne sono.
Una volta spostati i file, sarà sufficiente modificare configuration.php con i nuovi percorsi.
E' ovvio che andranno eventualmente riconfigurati tutti i componenti.