Ciao dk-wamp,
non basta che i moduli siano attivi, bisogna anche pubblicarli in una posizione modulo che sia esistente nel template. Se passi da un template all'altro, non è detto che i nomi delle posizioni rimangano gli stessi. Per vedere i nome delle posizioni dei vari template puoi attivare
http://wiki.joomla.it/index.php?title=Posizioni_modulo_in_joomla_1.6_-_come_vederle%3Fattivato quello basta aggiungere ?tp=1 al link nel tuo browser. Puoi vedere i nome delle posizioni anche nell'anteprima del template in backend.
Per il problema dei contenuti che spaginano, mi sembra che tu abbia inserito i contenuti dentro a delle tabelle. Non lo fare, se non strattamente necessario, e in ogni caso non assegnare una misura fissa alle tabelle, e se proprio proprio devi che almeno non superi quella del content.
Controlla anche che i testi siano privi delle formattazioni che talvolta si portano dietro da un copia incolla da word. Non mettere foto che superino la larghezza del content.
Se non lo hai ancora fatto leggiti questa guida:
http://wiki.joomla.it/index.php?title=Primi_passi_per_Joomla_1.5 È per la 1.5 ma molte cose sono uguali e comunque un orientamento lo dà.