mysql 4.1 è sufficiente per joomla 1.5, ma non per la 1.6+: quindi non potrai aggiornarlo.
altro discorso per le estensioni installate: dovrai far riferimento alla loro documentazione.
ricordati che non puoi esportare direttamente da mysql 5 a mysql 4, ma dovrai settare le opzioni di compatibilità per la versione finale del db altrimenti l'importazione darà errori.
ciao,
marco