E' sicuramente un problema di configurazione dei permessi del server.
Quando si installa Joomla, i file di base sono di proprietà dell'utente FTP.
Quando si installano poi i vari componenti questi sono di proprietà di PHP e possono essere manipolati da JoomlaXplorer, ma non (di solito) dall'utente FTP.
Nel tuo caso, se hai ritrasferito TUTTO via FTP, è tutto di proprietà dell'utente FTP, pertanto il povero JoomlaXplorer non può fare più di tanto.
Quello però che è strano è non riuscire a modificare i permessi via FTP.
Che programma usi?
Abilita la colonna con il nome del proprietario e guarda di chi sono i file.