penso sia un problema da segnalare all'assistenza, perché se è saltuario è da ricercare più nella configurazione del server che non in quella di joomla.
potrebbe essere un problema di rete o di risoluzione dei nomi se il db è su una macchina diversa, o potrebbe essere la macchina sottodimensionata o mal configurata.
ma potrebbe anche essere un problema di garbage collect dei dati (quando è stato che hai dato un optimize alle tabelle?) o di query/db progettate male e quest'ultimo aspetto richiede buone competenze tecniche per essere valutato, quindi io chiederei prima all'assistenza.
ciao,
marco