Ciao,
anche io ho avuto lo stesso problema, su un altro template ma evidentemente costruito con lo stesso principio. Ho capito che il colore si imposta solo sul foglio grey.css, che non è dunque alternativo a template.css. La questione del colore impostato sul link è perché il template imposta i titoli come link, ma se tu togli questa opzione dalle impostazioni generali degli articoli e li rendi testo normale, ecco che puoi cambiare il colore sugli header h1, h2 etc etc.
Grazie comunque, la vostra discussione mi è stata molto utile.