Ho risolto da solo. Nel template che ho modificato devo aver perso qualche passaggio. In pratica il Top Menu faceva riferimento alla classe #navigation del css e a fianco c'era (ma non si vedeva bene nemmeno con firebug) la classe #search, ovvero un moduletto per inserire la ricerca nel sito ma che non uso. In pratica mi è bastato mettere tra /* e */ il #search e #navigation ha avuto lo spazio necessario per mettere su una linea sola tutte le voci di menu. Ergo, non si capisce nulla da quello che ho scritto quindi se avete un problema simile con il template Limpidium 1.6 fatemi un cenno che vi aiuto.
ciao