Io ero riuscita a fare l'aggiornamento con jUpgrade in locale, con trasferimento successivo su remoto via ftp. Il problema è che l'aggiornamento era impreciso su alcuni contenuti, il che imponeva di fare verifiche sui template e gli articoli già inseriti, quindi ho preferito rifare il sito copiando e incollando i contenuti. In questo senso, non posso esserti utile, se non confermando che ho avuto gli stessi problemi.
In più, se ti può servire, ho avuto problemi con una versione intermedia (non l'ultimissima) di phoca gallery, che non funzionava. Fortunatamente avevano già risolto con un aggiornamento.
Mi sembra che questa migrazione sia tutt'altro che indolore...
