Secondo me il caricamento andrebbe fatto via ftp e magari con il cuteprofessional che non fa una piega in fatto di trasferimento, in seconda battuta, vedere se lo scompattamento sia avvenuto in modo completo dovresti avere la dir così:

Mi scuso per la foto, tieni conto che nella foto c'è anche lo joomla compattato che non va mandato al server, verificare il php residente anche se ti viene dato un avviso se il php non è quello che chiede joomla, per la verità ho avuto il problema di installazione proprio per il php residente, addirittura nel server era spuntato sulla versione 4.4, corretto alla versione 5.2.17 , l'installazione è avvenuta come una fumata di sigaretta, attenzione ad un passaggio per quanto concerne il database: "msql msqli" messi in un menù a tendina, bisogna vedere quale db usi, in attesa di altre indicazioni più precise, vedrò cosa c'è al passo 6, ti farò sapere, dacci lumi se hai risolto o se ci sono novità.
Cordialmente.
Carlo.