ciao frescopanz,
benvenuto sul forum di Joomla.it!
se non ti servono le funzioni specifiche del CMS, quali la gestione utenti o altro, all'interno delle tue applicazioni, puoi usare il wrapper di Joomla per mostrarle all'interno del sito, lasciando autonome le tue applicazioni.
Un consiglio, io non farei girare le tue "app" e Joomla sullo stesso database.