Conflitti ? non si possono chiamare così, diciamo una specie di "precedenze", perché in realtà non esiste un solo file che descrive tutte le regole css all'interno di un sito joomla, tutti i componenti aggiuntivi hanno di solito i propri css, che possono sovrascrivere o no quelli del tuo template. Se non sono definite certe regole da nessuna parte, come ad esempio per i links nel tuo caso, hanno precedenza le regole predefinite del browser e vedi i link sottolineati e con i colori classici.
Questa è la teoria, in pratica sarebbe meglio se potresti fornire un link al tuo sito, così possiamo sapere di più in cosa consiste in realtà il problema e avere delle risposte migliori.