per la questione "intere cartelle" è un po difficile, ma i classici download manager dovrebbero già permettere il caricamento/download separato per categorie di utenti/livelli di accesso! Per quanto riguarda la creazione di cartelle purtroppo non saprei dirti..
Però si potrebbe pensare di sviluppare qualcosa del genere perchè non credo sia molto difficile a livello logico.. Si potrebbe pensare di caricare i file tutti insieme in una cartella compressa e tramite la libreria PclZip (php) estrarle in una cartella creata con un nome specificato, sempre tramite php.
