Ciao, ho appena risolto un problema che ho avuto con jce e credo che possa essere utile anche nel tuo caso.
Io non riuscivo più ad inserire le immagini con effetto lighbox attivando jcepopup da inserisci link, salvando l'articolo perdevo le impostazioni.
Ho reinstallato JCE 2.0.14 (tutte le versioni superiori mi hanno dato lo stesso problema), ho lasciato JCEMediabox 1.11 perchè non mi ha creato problemi e finalmente ho risolto.
Voglio precisare che nell'effettuare il downgrade di JCE quando dovevo scrivere un'articolo l'editor non veniva visualizzato neanche agendo su [show/hide] ed ho risolto cancellando, via ftp, tutti i file di lingua italiana di jce che adesso uso in inglese ma che almeno funziona.
Spero ti sia stato d'aiuto, fammi sapere.
Un saluto a tutti.