Ciao Stefanotex,
per modificare il .css puoi andare in gestione template (fai attenzione perchè c'è la scheda stili e la scheda template), per l'html credo solo via ftp.
Comunque secondo me ti conviene sempre lavorare via ftp, sia perchè puoi agire su tutti i file (e non solo su un paio) sia perchè così puoi farti sempre una copia del file prima di fare modifiche importanti!