Io personalmente consiglio di usare (se possibile) il pannello di controllo dell'hosting. Io faccio il backup automatico usando un comando cron (pannello di controllo cpanel).
Mi manda automaticamente ogni notte il backup di TUTTO (db, files, email, configurazione) su un altro server, per cui sono veramente tranquillo.
Altre esperienze personali: backup a manina, sconsigliato, molto spesso filezilla si blocca e non ti accorgi, oltre al tempo necessario...
AkeebaBackup, funziona molto bene, chiaramente prima di "adottarlo" occorre testarlo sull'hosting usato, per cui fare backup e ripristinare su sottocartella per vedere se tutto funzioan.
Spero di essere stato utile. Ciao