Il file index.html deve essere presente in tutte le sottocartelle ed è una precauzione di sicurezza perché evita che si possa listare il contenuto delle cartelle, qualora l'host fosse configurato per farlo.
Nella root del sito, invece... dipende dalla configurazione dell'host.
Generalmente le estensioni .php vengono elaborate prima delle .html ma non è detto.
Quindi, se esiste index.html nella root, puoi provare a rinominarlo e vedere cosa accade al sito.
Nel tuo caso, però, mi pare che il problema sia altro, perchè anche una chiamata diretta all'index.php non porta a niente.
