provare per credere... solitamente il caricamente massivo fallisce per questi motivi.. altrimenti è possibile che non sia attiva la funzione zip nel php.ini, ma mi sembra strano visto che prima ti funzionava...
l'unica cosa che mi viene in mente sono le quote degli utenti, se ti trovi sotto linux, web e mysql devono avere uno spazio sufficente per permettere allo script di eseguire l'operazione di caricamento... in altro modo non saprei come fare per aiutarti