Caro Carlo,
Ubuntu non c'entra, grazie al cielo php, xhtml e css sono indipendenti dalla piattaforma.
Una possibile differenza può essere data dal browser, per cui ti consiglio di utilizzare un browser che sia disponibile sia per Win sia per Linux.
Circa i fonts:
fra i files del tuo template ci sarà sicuramente una directory css: vai a vedere i diversi fogli di stile e controlla se in qualcuno di essi, all'inizio, vi siano delle istruzioni precedute da @ che puntano a dei files di fonts; in tal caso dovresti avere, sempre fra i files del template, i corrispondenti files di fonts, ed inoltre, nel corpo dei css, ci dovrebbero essere delle istruzioni font-family che richiamano i fonts stessi.
Circa i menu:
probabilmente da qualche parte nel template ci sono le istruzioni per definire le posizioni dei vari moduli, tra i quali quelli dei menu. Controlla nella gestione moduli dove sono andati a finire i moduli menu e verifica le posizioni con quelle del template.
Una annotazione personale: come hai fatto a diventare ingegnere elettronico snobbando l'informatica?
Fabrizio