Beh potresti ricreare gli stessi effetti anche con joomla, in fondo il cms è molto flessibile e non è detto che debba avere per forza una struttura classica, e ci puoi comunque inserire quei contenuti in flash come header, gallery, ecc. Io valuterei bene prima di decidere. In rete ci sono molti siti che sembrano fatti con flash ma che sono fatti invece con joomla.