In Joomla! devi modificare le pagine PHP (ed eventualmente le XML) solo se vuoi:
- aggiungere un foglio css;
- aggiungere dei Javascripts;
- stravolgere le posizioni precostituite del sistema.
Le pagine PHP compilano la pagina HTML limitatamente a:
- lo head;
- il body, inserendo i codici per la macrostruttura della pagina e i codici che provengono dalle tue scelte di visualizzazione e contenuto dei moduli.
All'interno dei moduli sei tu che inserisci il codice HTML eventualmente necessario per dare al modulo l'aspetto che desideri, richiamando id e classi dei fogli css del template, ovvero inserendo online la funzione style="...".
Oltretutto, se vuoi definire id e classi a tuo uso e consumo non fai altro che inserirle, con i rispettivi parametri, in uno dei fogli di stile esistenti.
Se poi vuoi modificare le caratteristiche delle id e classi già esistenti nei fogli di stile del template, lo puoi fare liberamente.
A parte il fatto che è sempre bene non toccare - o toccare il meno possibile - i files PHP e XML, ricordati che se fai delle variazioni devi tenerne accuratamente nota perché, quando aggiorni le versioni di Joomla! o delle estensioni, normalmente i files PHP ed XML vengono sostituiti con quelli dell'aggiornamento, e le modifiche le devi rifare da capo.
Spero di averti dato un'esauriente panoramica.
Fabrizio