Ciao indosta,
quella che descrivi in genere è una struttura da template "evoluto".
Devi andare ad aprirti tutti i files e vedere tramitete delle prove dove stai inserendo il tuo codice.
In genere i "pezzi" di files del template hanno nomi evocativi, tipo header, footer o simili.
Questo sistema comunque è utilizzato in gran parte per templates commerciali, e qui non diamo assistenza a questi ultimi

Ciao!