Aimè il sito è in locale ... allego cmq. uno screen per farvi capire meglio (anche se si tratta di una cosa logica ...)
è logico quando sai spiegarti bene, se parli di nascondere l'header quando non ci sono articoli e poi nella foto evidenzi come oggetto da nascondere il contenitore degli articoli quando l'header è ancora li allora la logica vien meno proprio perchè tu stai scambiando fischi per fiaschi...
Senza un link al sito purtroppo ci è impossibile aiutarti. Ad ogni modo solitamente il problema è che è stato dato un padding a quel div. I div senza padding collassano automaticamente quando sono vuoti.
Il metodo che cerchi tu funziona con i moduli di joomla in quanto esiste una funzione conuntmodules che se richiamata su una determinata posizione stampa il numero di moduli attivi per quella posizione. In questo modo se il valore è 0 puoi nascondere la posizione. Per i contenuti non è così immediato perchè joomla può gestire una miriade di commponenti e non tutti hanno a che fare con articoli.
Ad ogni modo se invece vuoi rendere definitiva la modifica nella home basta inserire nel template un controllo
<?php if($home):{ ?>
<style>#contenitore{display:none;}</style><?php endif; ?>
(il codice va riadattato al tuo caso)