attorno ai puunti in cui hai creato la posizione modulo inserisci questo codice:
<?php if ($this->countModules('left')) : ?>
<div id="left">
<jdoc:include type="modules" name="left" style="xhtml"/>
</div>
<?php endif; ?>
Il codice in esempio fa si che il div left venga mostrato solo quando nella posizione left è effettivamente pubblicato almeno un modulo (in questo caso funziona così, ma per regola generale fa si che non venga mostrato nulla di quello che c'è all'interno del codice php, quindi potresti scriverci dentro quello che vuoi!!!)