Ciao Aleclysk,
il server win non va bene per joomla.
Se vuoi mantenere il sito html, metti joomla in una subdirectory, così non cozzano tra loro.
Poi dovrai decidere quando togliere il sito html e cosa fare del sito joomla.
Se fai una ricerca nel forum vedrai che è un argomento trattato decine di volte.
Ciao!