Ciao, qualcosa del genere?
<?php $user =& JFactory::getUser(); ?>
<iframe src="mysite/subroutines/pippo.php?id=<?php echo $user->id; ?>" width="100%" height="700px"></iframe>;
Secondo me è anche più corretto per la validazione dell'html
attenzione a specificare altezza e larghezza direttamente nel tag (vecchio stile) e non tramite il css, non so come può prenderla il validatore