se stai lavorando in locale, ammettiamo che hai installato il tuo joomla nella cartella MIOSITO.
dentro in mio sito avrai una sottocartella (chiamata ESTERNO) all'interno della quale inserisci il tuo html, js e quanto ti serve.
logicamente e' come se in quest'ultima sottocartella ci sia una pagina in html o php che funziona in modo completamente autonomo.
per integrarla in joomla (tramite l'iframe del wrapper) fai riferimento all'indirizzo relativo (quindi
per esempio ESTERNO/INDEX.HTM).
e cosi' dovrebbe andare.
se invece non va, prova a mettere un indirizzo assoluto (es.
HTTP://LOCALHOST/MIOSITO/ESTERNO/INDEX.HTM).
dovrai pero' ricordarti che quando passerai da locale a remoto questo link dovra' essere adattato al tuo dominio (quindi
HTTP://WWW.MIODOMINIO/ESTERNO/INDEX.HTM)