mi pare di aver capito che nella 1.6.3 l'aggiornamento automatico non era ancora stato perfezionato. Per usarlo ci vuole almeno una versione 1.6.5 o 1.6.6.
Se hai una copia di backup puoi ripristinare tutto, aggiornare manualmente alla versione più recente e poi fare l'upgrade alla 1.7 o 2.5