E' capitato anche a me su un sito che gestisco...la prima volta ho tolto tutti i link a manoni, erano sempre in testa ai file incriminati credendo che bastasse ciò, poi invece mi è ricapitato altre due volte, ho indagato e alla fine ho modificato la password ftp di collegamento al sito da quel momento non è più successo.
Leggendo in qua e in là però sembra sia dovuto anche ad un virus su filezilla non so se tu lo usi o meno.
Ciao, Daniele.