Ciao.
Il problema è purtroppo vecchio e noto: Explorer ignora gran parte delle norme di standardizzazione dei css e un'altra parte la ... interpetra a modo suo, per cui un sito che va bene con tutti gli altri browsers con Explorer va a p...allino!
Il problema del disassamento dei due elementi della testata è dovuto al diverso comportamento di Explorer circa la sovrapposizione dei boxes css.
La soluzione sarebbe quella di reinventare tutta la testata facendone un blocco unico, oppure di fare come ho fatto io nel mio sito, che riporta un avviso di cambiare browser
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