Ciao, anch'io ho avuto lo stesso problema.
Ho risolto disabilitando tutte le impostazioni seo/sef tramite il file configuration.php e disattivando il file .htaccess (ho solo aggiunto .txt).
A quel punto funzionava tutto.
Poi, seguendo le istruzioni dell'assistenza del mio provider ho modificato l'.htaccess (che in quel caso andava configurato diversamente da come indicato nelle varie guide), e così ho potuto riabilitare le impostazioni seo/sef.
Con un altro provider, su server windows, non è stato possibile configurare del tutto il seo/sef perché non supportano il mod_rewrite. Purtroppo in quel caso dovevo necessariamente utilizzare un server windows perché sul sito ospitavo uno script asp.