tranquillo joomla è molto robusto in questi passaggi, ne ho risolti diversi di casotti combinati da me ..
prova a cancellare le cartelle che dici danno errore e a trasferirle di nuovo, se proprio non va e non vuole saperne ritrasferisci tutte le cartelle senza la installation
salvati una copia del configuration.php ovviamente e pure del database (delle cartelle oramai non serve, semmai la images e simili)
riprova e se ancora non va ritrasferisci una cartella della versione precedente
fai tutte le operazioni senza accrocchi automatici ma con filezilla via ftp e ogni volta controlla che le operazioni vadano a buon fine
controlla che non hai estensioni che non girano su 2.5.2 anche se magari girano su 1.7