Grazie agli amici del forum di joomla.org ho risolto! Dunque gli sql che vengono eseguiti durante la fase del riallineamento database si trovano in:
Joomla_2.5.3-Stable-Full_Package\administrator\components\com_admin\sql\updates\mysql\
ogni file ha nel nome l'indicazione della versione per cui basta applicare quelli con versione successiva a quella installata. Nel mio caso l'aggiornamento al database si bloccava in fase di creazione di un indice nella tabella "languages", tabella con 2 sole righe. A questo punto ho concluso che il mio problema è dovuto alla mia configurazione di test, con XAMPP configurato con i suoi default. Potrebbe essere che è impostato in modo da sfruttare pochissimo le risorse del pc che lo ospita oppure non saprei, perchè non sono un sistemista. Comunque ne ho dedotto che un simile problema non poteva verificarsi nel server di produzione che sicuramente è impostato con più risorse a disposizione. Per questo, dopo aver fatto un backup con Akeeba (estensione che consiglio a tutti) ho effettuato l'aggiornamento senza problemi. Infine ho rifatto il backup del sito aggiornato e il restore nel mio ambiente di test così mi sono ritrovato aggiornato anche quello.
Ciao!