Purtroppo non so darti altri suggerimenti, se non quello di esportare tutto il sito (compreso db) e provarlo su un altro server e vedere che cosa succede. Non so quanto possa essere risolutivo come metodo (e soprattutto tecnicamente corretto), io però feci così e in questo modo mi accorsi che il problema era nel server e non nel mio Joomla. Così, sicuro delle mie ragioni, la spuntai con il provider che all'inizio faceva finta di niente, ma poi, una volta migrato il sito su un'altra macchina (sempre dello stesso provider), il problema magicamente scomparve.
In bocca al lupo!