Per forza, sono collegati.. I moduli mainmanu, altro non fanno che mostrare in frontend il contenuto del menu:mainmenu.
Se tu cancelli una voce a quest'ultimo i moduli nn mostreranno più quella voce.
Probabilmente non hai 3 moduli mainmenu, ma dei moduli di terze parti che funzionano allo stesso modo e sono pubbblicati. Prova a non pubblicare tutti i moduli che potrebbero avere a che fare con i menu.
Quindi, pubblicali uno alla volta fino a quando non trovi quello che ti serve.
