Ho risolto il problema.
Nel file configuration.php i path erano sbagliati, credo siano stati cambiati quando ho inserito il dominio e il percorso dei cookie.
Per cui ho rimesso i path giusti:
public $tmp_path = './tmp';
public $log_path = './logs';
ed ho cancellato il dominio e il percorso dei cookie e sembra funzionare tutto sia il frontend che il backend.