non è un errore, è un messaggio di avviso.
ti avvisa che nel server è disabilitata una funzione interna perchè è molto pericolosa, è bene che sia così, personalmente non capisco la scelta di utilizzare una funzione così pericolosa ... spalancare cancelli per poi metterci cani da guardia.. mahh
puoi installare qualsiasi cartella di joomla anche quella integrale semplicemente come fosse una estensione, un modulo o un plugin, joomla è davvero robusta su questo, io ho personalmente rifatti tutti gli aggiornamenti a partire dalla 1.6 fino alla 2.5.2 per via di un difetto e dai e dai alla fine si è sistemato
negli hosting condivisi non avrai le risorse per l'operazione con la cartella completa e l'installer,
allora si deve usa la versione aggiornamento che è più leggera e che appunto serve per rimediare alle limitazioni di risorse degli hosting condivisi, altrimenti non servirebbe neanche.