Non ti preoccupare per le domande, l'importante è che tu prima capisca e poi risolvi.
Un sito del tipo CMS è costituito da due elementi fondamentali, una serie di cartelle e file ed un db correlato a queste. Adesso tu hai una sola parte del sito che ovviamente da sola non funziona, aggiungendo anche il db riottieni il sito funzionante. E' chiaro che il backup del db deve essere correlato a quelle cartelle, oppure se hai un backup completo di cartelle e database devi sovrascrivere anche le cartelle attuali, ed in quest'ultimo caso per non creare confusione a confusione ti consiglio di svuotare la root non prima di farti un ulteriore backup di queste sole cartelle.