Intanto scaricati l'intero sito ed il database in locale e fai una scansione antivirus del tutto.
A questo punto le "bocce" sono ferme, hai congelato il tutto e puoi decidere con calma cosa fare.
La situazione non può peggiorare, solo migliorare.
Se hai un backup recente pre hack, io ripristinerei quello e poi andrei a cercarmi le eventuali differenze sia nei file che nel db, man mano che le trovo, vado ad inserirle nel backup ripristinato, stando attento che siano cose che so d'aver inserito io. Se non hai un backup, dipende da quante pagine ha il sito, se ne ha poche penso che approfitterei del guaio per portarlo a Joomla 2.5 ricreando le pagine a mano pescando i contenuti dal db.
Se non hai backup, son tante pagine, e non hai voglia di sbatterti più di tanto puoi tentare d'eliminare la home hackerata ed aggiornare alla 1.5.26, io personalmente però non sarei del tutto tranquillo sapendo che su un mio sito ci possano essere file e contenuti che non conosco!