tutti gli index.php di tutti template anche quelli standard sono infetti...
Controlla tutte le estensioni che hai aggiunto, escludendo quelle di default di joomla, e verifica che siano aggiornate all'ultima versione.
L'inclusione del codice in tutti i file index avviene propio a causa di una falla di sicurezza e per scoprire quale sia la causa si deve necessariamente capire quali siano le estensioni aggiunte.
In partticolari casi, però, può accadere che il veicoco che permette di caricare software malevolo simo proprio noi, o meglio il nostro pc quindi è sempre meglio scansionare il nostro computer prima di caricare qualcosa sia via ftp che con caricamento normale.