nel src dell'iframe si possono mettere due tipi di percorsi, assoluti o relativi.
se lo metto assoluto, ovvero
http://www............./file.html di certo funzionerà però non so ancora dove starà il sito, per cui devo usare un percorso relativo, quindi se sono nella home, quindi nella cartella root potra scrivere ad esempio un percorso relativo come images/img1.png e funzionerebbe.
se ho le url non riscritte qualunque pagina richiamo l'url punterà sempre alla root, per esempio: miosito.com/index?................. qualunque cosa ci sia scritta nei puntini io richiamo sempre la index (presente nella root)
se invece ho una url riscritte, fisicamente richiamerò la index della root ma virtualmente no, perchè nel caso io abbia sito.com/index.php/alias-menu è come se richiamassi un file dentro root/alias-menu
tutto questo influenzerà anche l'iframe che al posto che cercare il file all'interno della root lo cercherà all'interno della cartella "alias-menu" che essendo virtuale non esiste!