Joomla può duplicare i template solo come stili, usando quindi sempre gli stessi files del template base per tutte le copie.
Serve per avere configurazioni diverse nei template che hanno pannelli di controllo che permettono modifiche particolari solitamente.
Ad esempio con i template Rocket, usando lo stesso template, si possono cambiare colori, fonts, posizioni etc, quindi risulta molto utile per avere pagine con lo stesso template base, ma modificato dal pannello di controllo di quest'ultimo.
Se vuoi aggiungere posizioni ad un template predefinito devi modificare i files di quest'ultimo, non devi clonarlo.