Il file gantry-custom.css va inserito nell'ultima cartella di questo percorso:
tuosito/templates/gantry/css
non cambiare nome al template (non sto parlando di presets), lascialo gantry ed imposta il tuo file css con questo nome:
gantry-custom.css
Naturalmente questo file non esiste di default nella cartella css, non toccare niente di quello che ci trovi già dentro, aggiungi solo il file custom che avrai scritto usando qualcosa tipo blocco note (niente word o simili, per carità, meglio se usi un editor per css, tipo Komodo)
se non vedi niente delle tue modifiche css, vuota la cache del browser e di gantry template e poi riprova
tecnicamente il tuo preset non è un template, ma solo un'elaborazione di quelli di base, che ti consente di caricare e visualizzare le impostazioni che tu hai dato (il tuo logo, i tuoi fonts Google, il tuo layout dei vari moduli ecc); chiaro che -mentre costruisci il template, la prima cosa da fare, dopo aver aperto il gantry default, è andare sui presets e selezionarti il tuo.... salvati sempre ogni cambiamento che apporti
Adesso ti mando il link alla pagina del gantry forum, così puoi aver una visione più completa